主角玄霄、云溪与周莫三人身陷宦海，一次又一次地在权力斗争中拔刀相向。为了获得太子庶妹的芳心与王位的竞争力，玄霄暗中将云溪女扮男装送至御前，继而引出阴谋，险些丧命。第三集玄霄和云溪结束了暂时的矛盾，为了互相保护而联手对抗外部势力。而另一方面，太子妃与周莫在暗地里密谋，意图抹黑皇帝，掩盖一身的罪行。太子妃表露出对于太子哈庭的爱女、肆意作为、强权统治，却被玄霄、云溪联手镇压，遭受道德制裁。
第一集
《灭世第二季》开篇，重心仍然在政治体系与文化层面之间的博弈。主角玄霄、云溪与周莫三人身陷宦海，一次又一次地在权力斗争中拔刀相向。在这一集中，周莫以一己之力逆转战局，接手刑部，掀起惊涛骇浪，让太子妃疑神疑鬼，究竟周莫是何方神圣？他的目的是什么？
第二集
本集中，玄霄与云溪的矛盾开始渐渐浮出水面。为了获得太子庶妹的芳心与王位的竞争力，玄霄暗中将云溪女扮男装送至御前，继而引出阴谋，险些丧命。这场斗争中道德伦理不堪入目，人性的黑暗面渐渐浮现。而云溪为了赢得玄霄的眼光，竟然踢掉性别、性取向来取悦他，考验着观众的心理承受度。
第三集
玄霄和云溪结束了暂时的矛盾，为了互相保护而联手对抗外部势力。而另一方面，太子妃与周莫在暗地里密谋，意图抹黑皇帝，掩盖一身的罪行。剧情开始越来越虚构离谱，几场卫队冲突下普通老百姓也快造成群体性死亡。作为主线的恩怨之争被丧失了原本应有的美感，烟幕弥漫但总归有些空虚。
第四集
本期简单快速地让主线开始收尾。太子妃与周莫被眼前事实击垮，双方在深宫被困，各自暴露出阴谋。太子妃表露出对于太子哈庭的爱女、肆意作为、强权统治，却被玄霄、云溪联手镇压，遭受道德制裁。而周莫反戈一击，展露出寻觅儿子的悲怆与植树树民的抱负，死得和怂得一样悲催。
第五集
《灭世第二季》在结尾处留下诸多伏笔，给了后续剧情广阔的想象空间。容易让人兴趣盎然的两大主线：玄霄和云溪的婚姻之路，以及庶姐太子公主的身世之谜。本期中庶姐意外爆发，与玄霄之弟顾越在漫长的经营后终于走到了一起，而太子公主的生母身份也揭晓，开始跌进马蜂窝。这一季结束，恩怨未了，伏笔彰显，留下了期待。
